在“中情局家丑”案后不久，尼克松把施莱辛格调到了国防部任部长，就“水门事件”而改组其内阁。当尼克松提名他为中情局局长时，科尔比感到又惊又喜。他认为，总统根本算不上了解他。但事实上，尼克松对科尔比所知甚多。在凯瑟琳病逝的时候，他还亲笔给他写了封吊唁信。他认为国会将批准对科尔比的任命，因为他是个安全、无政治立场的无名小卒，白宫可以控制，而不会像赫尔姆斯后期那样无法掌控。
参议院以压倒多数投票批准了他的提名，虽然华盛顿影射他的海报铺天盖地，上面描绘了一个与科尔比酷似的人，在一圈叠加的“黑桃A”上，声称要“缉拿”在“凤凰计划”中的谋杀者。他家中的骚扰电话又开始响个不停，有一个人坚持不懈地打电话，但只在电话中喘着粗气，科尔比让电话公司追踪到了他的名字和电话号码。当这位喘着粗气的人再打电话时，科尔比直呼其名，那人喘了口气，挂了电话，从此再也没打来电话。科尔比猜，他一定是吓坏了，担心中情局的攻击队不会放过他。
战略情报局的经历对科尔比的影响巨大，他喜欢在马里兰州的贝塞斯达闲荡，居家时总是戴着“二战”时期那个破旧的松松垮垮的迷彩帽。他的长子约翰说，这是“他一生中一个重要阶段”，对其如何管理中情局有着显著的影响。约翰补充道，虽然他的父亲很快就证明他从来不会盲从。