夫闯将为诸贼中元凶，仅领三百丧败之众抱头鼠窜，诚数年未有机会，即穷日夜之力，身先士卒，不顾性命，以擒斩此贼，亦是应得责任。无奈计算不到，追赶不紧，使元凶脱然远逝。目前既不成一股完功，将来尤必费兵力殄灭。光先何所辞责？[18]
李自成部在陕甘失利后，于五月间会同六队祁总管部共三千多人进入四川境内。洪承畴急忙指派陕西监军道樊一蘅督促副将马科、贺人龙部官军进川追击，自己带总兵曹变蛟、王洪赶到西乡县，檄调总兵左光先率部进驻汉中府；在阶州、徽州、文县和略阳一带也部署了兵力，挡住起义军北返和西进的道路。七月十三日，马科、贺人龙部同起义军交战于四川广元。四川巡抚傅宗龙唯恐义军又像崇祯十年那样直入成都平原，故调集了四川官军和他从云南带来的部分军队，配合陕西官军夹剿。八月初五日，双方作战于南江县境，义军因寡不敌众，夺路北奔。十六日，到陕西城固县境，打算渡汉水，取道石泉、兴安往湖广、河南。渡河时，遭到左光先部官军的袭击。这时义军只剩下一千四五百人，不足以对付官军，因而退入附近山区。在艰险的形势下，六队头目祁总管灰心丧气，带着部下六百多人向左光先投降。李自成部力量更形单薄，只得转入深山密林，使官军摸不着踪迹。李自成本人，“夜则山林藏身，不敢入窝铺宿歇”[19]。洪承畴以为全胜在望，夸下海口说：“闯将同零伙散贼，暂尔逃命。……计必擒斩于官兵之手，不则，亦困毙山林间。”[20]可是，李自成却以坚忍不拔的意志，带着为数不多的残兵败卒，巧妙地摆脱了官军的重兵追剿[21]，向东转入陕西、湖广、四川三省交界的大山区，尽量避免同大股官军正面交锋。从崇祯十一年八月到崇祯十三年秋天李自成部进入河南的两年时间里，我们对这支义军的活动情况了解不多，其原因是此时李自成部兵员相当少（大约在一千人上下）[22]，活动地区又是人烟稀少处，明政府把注意力转到了实力较强的张献忠、罗汝才、老回回、革里眼、左金王等部身上，所以关于李自成的记载不多。甚至有的官员还以为李自成已经死去，部众非死即散。