不过在土木堡之变中，杨洪的表现非常令人生疑。当时他作为宣府总兵，与大同总兵石亨构成宣大防御体系，是北京以西长城防御体系的主体。但在明英宗来回奔走，甚至被也先追击的过程中，两人均未及时出援，石亨出兵去为明英宗断后，却一触即溃，杨洪则干脆根本没出现过。很多人指出杨洪久在边关，与蒙古人私交甚厚，此战必有密谋。不过于谦用人不疑，还是重用了杨洪、石亨等将，他们也知耻而后勇，痛击瓦剌，立下不世之功。战后封赏，杨洪封昌平侯，仍佩镇朔大将军印，宣府总兵官；其子杨俊任右都督、游击将军、提督三千营；侄杨能封武强伯、都督佥事、总领神机营；侄杨伦任羽林亲军都指挥使；侄杨信封彰武伯，佩征虏副将军印，延绥总兵官，镇守延绥镇（今陕西延安、绥德，长城防御体系西段核心），后接替其兄杨俊提督三千营。
京师三大营是明军的陆军主力，其中，五军营约为二十五万步兵（含御前仪仗），三千营是十万骑兵，神机营是五十万火器部队。土木堡之变后瓜分势力，石亨在徐有贞、曹吉祥的支持下牢牢抓住了五军营虎符，而杨洪家族则瓜分了三千营、神机营以及九边重镇中的宣府、延绥等镇，甚至还染指了作为御前禁卫的羽林卫，一时如日中天。